肛瘘和人体其他部位的感染不同，他不能够自愈，进一步讲，通过药物治疗也不能治愈，所以说手术是目前唯一的治愈途径。
肛瘘有间歇期和发作期。间歇期没有症状，这个时候也不需要服药；发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，这时如果没有条件手术，可以先用药物进行控制，药物治疗的目的是抗菌消炎，炎症得到控制以后又可以暂时恢复到间歇期，但肛瘘病没有好，仍然需要择期手术。
手术的方式有很多种，一般要视病情的轻重而定，因为肛瘘有根，这根就是位于肛门与直肠的交界处的内口，如果把肛瘘比喻成一颗树，那树根就是内口，树枝就是瘘管，药物治疗只能解决树枝的感染，树根的感染是真正的危害而没有触及，所以就需要手术来解决。
对于高位肛瘘一般采取挂线治疗，肛瘘是一种封闭的感染，手术就要打破这种封闭，所以肛瘘手术原则就是两个字：敞开。
无论何种手术方法，术后的换药都是必须的，而且是重要的，换药包括清洗、消毒、上药、引流等环节，直到创口的愈合。
便秘、经常腹泻、不良饮食习惯可致肛瘘。肛瘘是肛周皮肤和直肠（肛管）相通的一种慢性感染性管道，直径3-4mm，由内口、瘘管、外口三部分组成。发生率仅次于痔疮，肛肠疾病中发病率排名第二，每1万人中有1.2-2.8个肛瘘病人。肛瘘是一种常见的肛门良性疾病，虽然恶变病例少见，文献报道不足150例。复发性肛瘘超过10年以上有癌变风险。
“肛瘘与便秘和经常腹泻相关。”，肛门细菌多，大便干结可导致黏膜破溃，易发生感染，导致炎症，一旦感染长脓包可引起肛周脓肿，继续发展则可进展为肛瘘；经常腹泻的人，因为每次便后厕纸的使用，难免会损伤肛门黏膜，也可引起炎症、肛周脓肿并发展为肛瘘。肛瘘反复发作，脓液渗出，就会在肛周形成湿疹、瘙痒。
肛瘘患者中年男性居多，可能与男性的性激素靶器官之一的皮脂腺分泌旺盛有关，还与抽烟、喝酒、饮食辛辣刺激又不规律等不良生活习惯有关。
参考文献《本文内容综合新快报、广州日报、信息时报曹杰医学指导》
肛瘘是无法自愈的，手术是唯一有效的治疗肛瘘的方法。21世纪是微创医疗的时代，视觉医疗的时代，也是精准医疗的时代。医患均追求更小的切口、更小的创伤、更短的愈合时间。
上海医博肛泰医院引进肛瘘领域微创新技术-肛瘘镜（VAAFT技术），肛瘘镜VAAFT技术优点
1、可精确识别瘘管、瘘道或脓肿，可保留括约肌，可解决内口识别难题，达到完全根除肛瘘；
2、与视频内镜技术相结合，对病灶能实行直视检查，精准定位感染源；
3、该技术不仅适合治疗复杂肛瘘及其复发症，更可在内镜下治疗藏毛窦等疾病；
4、大大提高了传统手术的愈合时间久的弊端，恢复时间缩短可三分之二，减小手术创伤，减少了患者痛苦。
肛瘘镜治疗过程分诊断和手术两个部分：
第一阶段是诊断过程：通过外口插入肛瘘镜，经灭菌注射用水冲洗瘘道，在镜下清晰显示瘘管走行，直到找到内口位置，并对内口位置进行标记。
第二阶段是手术阶段：在镜下应用高频电刀处理管壁组织，肛瘘刷清除管道内电凝组织，沿管腔探查，至内口处，切开并电凝内口处，内口的处理有直接缝合、吻合器吻合及直肠粘膜瓣的推移封闭。
