喂食婴儿的方式大大地影响他们肠道的习惯。通常喝母乳的婴儿在开始的4-6周每天至少会排3次软便，但是有些喝母乳的婴儿可能多天没有排便，有时情况甚至会长达几周，而婴儿也并未出现不适，如硬便或排便时哭泣等。
最近一项研究将纯母乳哺育的婴儿头3个月的肠道习惯、排便次数及频率与纯配方奶哺育的婴儿做比较；另外，也分析了纯母乳哺育及纯配方奶哺育的婴儿在头3个月便秘的状况。
研究比较40名纯母乳哺育的婴儿及13名纯配方奶哺育的婴儿。研究发现，在婴儿头1个月，纯母乳哺育的婴儿的每日排便4.9次，稍微高于纯配方奶哺育婴儿的2.9次。第2个月纯母乳哺育婴儿每日3.2次，纯配方奶哺育婴儿每日1.6次。纯母乳哺育的婴儿在头2个月有较多的肠道蠕动。
研究还发现，在婴儿头3个月，纯母乳哺育的婴儿的粪便比较稀，而纯母乳哺育的婴儿的便秘情形较纯配方奶哺育的婴儿多3.5倍，纯母乳哺育婴儿有28%出现便秘，纯配方奶婴儿有8%出现便秘。多数有便秘情形的纯母乳哺育婴儿是在第5周以后开始出现。
研究表示，纯母乳哺育的婴儿的便秘症状背后的机制尚不清楚。不过，可能的解释是，婴儿较能消化母乳中的脂肪，或是因为母乳有较多能分解未吸收或无法吸收的醣类的细菌。
